Viện Tài nguyên thiên nhiên và Môi trường hoạt động theo nguyên tắc tự chủ, tự quản, tự trang trải về tài chính theo quy định của pháp luật, Điều lệ và các quy định của Liên hiệp Hội Việt Nam; tự chịu trách nhiệm về các hoạt động khoa học và công nghệ được ghi trong Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động khoa học và công nghệ do Bộ Khoa học và Công nghệ cấp. Điều lệ tổ chức và hoạt động của Viện do Liên hiệp Hội Việt Nam phê duyệt. Viện có chức năng và nhiệm vụ như sau:
1. Chức năng:
Nghiên cứu đặc điểm phân bố, chất lượng, trữ lượng của Tài nguyên thiên nhiên, phục vụ quản lý, quy hoạch, khai thác, sử dụng hợp lý tài nguyên, góp phần bảo vệ môi trường để phát triển bền vững kinh tế xã hội đất nước.
2. Nhiệm vụ:
a) Nghiên cứu đặc điểm phân bố, chất lượng, trữ lượng của tài nguyên thiên nhiên, nhằm đề xuất chính sách quản lý, quy hoạch, khai thác, sử dụng hợp lý tài nguyên, góp phần bảo vệ môi trường, phát triển bền vững.
b) Áp dụng các phương pháp hiện đại để thăm dò lòng đất (khoáng sản, kim loại, tai biến địa chất,…); sản xuất thử nghiệm và chuyển giao công nghệ, dịch vụ chế biến khoáng sản; phân tích, giám định mẫu địa chất, kiểm định thiết bị đo lường hóa- lý- sinh; tư vấn, đào tạo nâng cao năng lực cán bộ tham gia các dự án khoa học công nghệ. Tổ chức hội nghị, hội thảo khoa học, phổ biến kiến thức trong lĩnh vực tài nguyên thiên nhiên, biến đổi khí hậu và các lĩnh vực liên quan khác.
c) Hợp tác với các tổ chức, cá nhân ở trong và ngoài nước để thực hiện chức năng, nhiệm vụ của Viện.